Gümrük tarafından alınan yazı KDV yönünden bağlı bulunulan Vergi Dairesine Mahsup tutarını gösteren muhasebe işlem fişi talep tarihinden itibaren 10 gün içinde ilgili gümrük muhasebe birimine gönderilir. İşlemleri hızlandırmak adına gümrükten alınan yazının belge doğrulama kodu ilgili vergi dairesine iletilir. Vergi dairesinde muhasebe aşamasında gerçekleşen işlemler dahil ilgili işlemler yapıldıktan bir gün sonra gümrük yazısına ilişkin cevap yazısı sistem tarafından oluşur. Bu cevap yazısının tarih, sayı ve belge doğrulama kodu vergi dairesinden alınıp ilgili Gümrük Müdürlüğüne iletilirse işlemler daha hızlı bir şekilde tamamlanır. Herhangi bir nedenle mahsup yapılamaması halinde, gümrük muhasebe birimince düzenlenecek muhasebe işlem fişi ile mahsup edilemeyen tutar ilgili vergi dairesine iade edilir.

Söz konusu işlemlerin süreci standart olmayıp mahsuben iade hızı iade dosyasının durumuna göre değişiklik gösterebilir. Eğer iade dosyası vergi dairesi tarafından onaylanmış ve tamamlanmış bir iadeyse işlemler daha hızlı gerçekleşir ve iade sahibi firma malı gümrükten çekebilir. Ancak dosya incelenmemiş ve eksikleri bulunan bir dosya ise süreç uzayabilir. Bu durumda iade sahibi mükellef malı gümrükten çekemez ve antrepo bedeli ödemek durumunda kalır. Bu durumda mükelleflere önerimiz tamamlanmış veya en azından eksikliği giderilmiş iade dosyasından mahsup talebinde bulunmaları yönündedir.

İthalde ödenecek verginin KDV iade alacağından mahsubuna ilişkin yapılacak işlemlerin kronolojik sıralaması aşağıdaki gibidir:

1. İadeye konu dönem listelerinin vergi dairesi internet sistemine yüklenmesi ve onaylanması,
2. Kontrol raporunun çalışması için ithalat dışında başka bir vergiye ilişkin sembolik bir rakam için mahsuben/nakden standart iade talep dilekçesinin verilmesi,
3. Kontrol raporu hatalarının düzeltilmesi,
4. İthalatın gerçekleştiği dönemle ilgili gümrük idaresinden, ithalat vergi tutarlarını ve iade tutarının yatırılacağı IBAN bilgilerinin yer aldığı vergi dairesine hitaben yazının düzenlenmesi (örnek yazı makalemizin içinde yer almaktadır),
5. İthalat vergilerinin mahsubuna ilişkin iade talep dilekçesinin verilmesi,
6. İadenin onaylanması sonrasında vergi dairesi tarafından ilgili gümrük müdürlüğüne mahsubun gerçekleştirildiğine ilişkin yazının gönderilmesi,
7. İlgili gümrük müdürlüğünden malın çekilmesi.